Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Balsamiq Mockups ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Balsamiq Mockups ondersteunt zijn .BMML. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Balsamiq Mockups op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Balsamiq Mockups.
Balsamiq Mockups kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Balsamiq Mockups en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Balsamiq Mockups.