Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Autodesk Animator ondersteunt minimaal 4 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Autodesk Animator ondersteunt zijn .FLT. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Autodesk Animator op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Autodesk Animator.
Autodesk Animator kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Autodesk Animator en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Autodesk Animator.