Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Atomic Mail Sender ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Atomic Mail Sender ondersteunt zijn .AMSM. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Atomic Mail Sender op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Atomic Mail Sender.
Atomic Mail Sender kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Atomic Mail Sender en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Atomic Mail Sender.