Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Atomic Combat ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Atomic Combat ondersteunt zijn .MATO. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Atomic Combat op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Atomic Combat.
Atomic Combat kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Atomic Combat en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Atomic Combat.