Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Aspen HYSYS ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Aspen HYSYS ondersteunt zijn .BK0. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Aspen HYSYS op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Aspen HYSYS.
Aspen HYSYS kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Aspen HYSYS en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Aspen HYSYS.