Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Aquifer Enterprise Edition ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Aquifer Enterprise Edition ondersteunt zijn .AQF. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Aquifer Enterprise Edition op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Aquifer Enterprise Edition.
Aquifer Enterprise Edition kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Aquifer Enterprise Edition en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Aquifer Enterprise Edition.