Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Aquifer ASP ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Aquifer ASP ondersteunt zijn .AQF. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Aquifer ASP op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Aquifer ASP.
Aquifer ASP kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Aquifer ASP en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Aquifer ASP.