Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Apple Qmaster ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Apple Qmaster ondersteunt zijn .COMMANDERDOC. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Apple Qmaster op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Apple Qmaster.
Apple Qmaster kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Apple Qmaster en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Apple Qmaster.