Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Apple Project Builder ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Apple Project Builder ondersteunt zijn .PBPROJ. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Apple Project Builder op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Apple Project Builder.
Apple Project Builder kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Apple Project Builder en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Apple Project Builder.