Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Apple iPhone Configuration Utility ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Apple iPhone Configuration Utility ondersteunt zijn .PROVISIONPROFILE. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Apple iPhone Configuration Utility op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Apple iPhone Configuration Utility.
Apple iPhone Configuration Utility kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Apple iPhone Configuration Utility en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Apple iPhone Configuration Utility.