Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Apple Grapher ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Apple Grapher ondersteunt zijn .GCX. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Apple Grapher op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Apple Grapher.
Apple Grapher kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Apple Grapher en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Apple Grapher.