Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Apple Final Cut Pro ondersteunt minimaal 13 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Apple Final Cut Pro ondersteunt zijn .CPI. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Apple Final Cut Pro op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Apple Final Cut Pro.
Apple Final Cut Pro kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Apple Final Cut Pro en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Apple Final Cut Pro.