Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Apple Aperture ondersteunt minimaal 10 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Apple Aperture ondersteunt zijn .NEF. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Apple Aperture op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Apple Aperture.
Apple Aperture kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Apple Aperture en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Apple Aperture.