Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Apollo Server ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Apollo Server ondersteunt zijn .NSX. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Apollo Server op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Apollo Server.
Apollo Server kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Apollo Server en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Apollo Server.