Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Apollo ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Apollo ondersteunt zijn .AAP. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Apollo op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Apollo.
Apollo kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Apollo en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Apollo.