Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Apimac Timer ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Apimac Timer ondersteunt zijn .TMR. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Apimac Timer op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Apimac Timer.
Apimac Timer kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Apimac Timer en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Apimac Timer.