Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Anime Studio Pro ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Anime Studio Pro ondersteunt zijn .ANME. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Anime Studio Pro op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Anime Studio Pro.
Anime Studio Pro kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Anime Studio Pro en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Anime Studio Pro.