Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Animation-ish ondersteunt minimaal 3 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Animation-ish ondersteunt zijn .ISH3. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Animation-ish op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Animation-ish.
Animation-ish kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Animation-ish en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Animation-ish.