Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Amazon Kindle for iPhone ondersteunt minimaal 3 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Amazon Kindle for iPhone ondersteunt zijn .AZW3. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Amazon Kindle for iPhone op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Amazon Kindle for iPhone.
Amazon Kindle for iPhone kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Amazon Kindle for iPhone en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Amazon Kindle for iPhone.