Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Alter Ego ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Alter Ego ondersteunt zijn .ERP. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Alter Ego op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Alter Ego.
Alter Ego kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Alter Ego en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Alter Ego.