Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. AJC Directory Synchronizer ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die AJC Directory Synchronizer ondersteunt zijn .DSY. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in AJC Directory Synchronizer op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door AJC Directory Synchronizer.
AJC Directory Synchronizer kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via AJC Directory Synchronizer en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door AJC Directory Synchronizer.