Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. AES Crypt ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die AES Crypt ondersteunt zijn .AES. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in AES Crypt op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door AES Crypt.
AES Crypt kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via AES Crypt en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door AES Crypt.