Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Adobe Muse ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Adobe Muse ondersteunt zijn .MUSE. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Adobe Muse op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Adobe Muse.
Adobe Muse kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Adobe Muse en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Adobe Muse.