Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. ACD/ChemSketch ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die ACD/ChemSketch ondersteunt zijn .SK2. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in ACD/ChemSketch op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door ACD/ChemSketch.
ACD/ChemSketch kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via ACD/ChemSketch en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door ACD/ChemSketch.