Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. ABBYY FineReader ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die ABBYY FineReader ondersteunt zijn .FBT. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in ABBYY FineReader op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door ABBYY FineReader.
ABBYY FineReader kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via ABBYY FineReader en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door ABBYY FineReader.