Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. 3DVIA Virtools ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die 3DVIA Virtools ondersteunt zijn .NMO. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in 3DVIA Virtools op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door 3DVIA Virtools.
3DVIA Virtools kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via 3DVIA Virtools en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door 3DVIA Virtools.