Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. 3D-XplorMath-J ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die 3D-XplorMath-J ondersteunt zijn .3DXMJ. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in 3D-XplorMath-J op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door 3D-XplorMath-J.
3D-XplorMath-J kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via 3D-XplorMath-J en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door 3D-XplorMath-J.