Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. 3D-Tool ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die 3D-Tool ondersteunt zijn .XGL. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in 3D-Tool op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door 3D-Tool.
3D-Tool kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via 3D-Tool en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door 3D-Tool.