Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. 3D Custom Girl ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die 3D Custom Girl ondersteunt zijn .TMO. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in 3D Custom Girl op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door 3D Custom Girl.
3D Custom Girl kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via 3D Custom Girl en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door 3D Custom Girl.