Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Doom II ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Doom II ondersteunt zijn .MJ3. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Doom II op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Doom II.
Doom II kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Doom II en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Doom II.